Fue fundado en 1596 por doña Francisca de la Cueva, deseosa de reparar cierto abuso de autoridad que le valiera a su esposo excomunión. En 1645 hubo un temblor en Quito que amenazó la ruina del convento de Santa Clara. La abadesa, Sor Jerónima de San Agustín, se propuso la reconstrucción de la iglesia y sus dependencias. Con ese fin contrató al arquitecto más famoso de la época: fray Antonio Rodríguez. Este religioso franciscano fue castigado y enviado a Lima en 1657 por denuncias de algunos de sus compañeros. La abadesa protestó puesto que faltaban aún por hacer la media naranja de la iglesia, el refectorio y el dormitorio de las monjas.