Hasta mediados del siglo XVI la catedral de Quito era de tapias y cubierta de paja. Entonces comenzó la iglesia actual el obispo García Díaz Arias, y la prosiguió el siguiente obispo, gran constructor, Pedro Rodríguez de Aguayo.

Una quebrada honda que corría hacia la parte de atrás impidió que se la edificase con frente a la plaza mayor.